Macromolecular Xtallography Raw Data Repository (MX-RDR)

Macromolecular Xtallography Raw Data Repository (MX-RDR) to repozytorium dziedzinowe, które powstało w ramach projektu Dziedzinowe Repozytoria Otwartych Danych Badawczych. Repozytorium jest prowadzone przez ICM UW oraz zespół projektowy w Zakładzie Krystalografii UAM w Poznaniu.

Do czego służy repozytorium?
Repozytorium MX-RDR służy do archiwizacji i udostępniania surowych danych dyfrakcyjnych zarejestrowanych dla kryształów makromolekuł. Dane te rejestrowane są głównie na liniach krystalograficznych w dużych ośrodkach synchrotronowych lub przy wykorzystaniu dyfraktometrów i innych źródeł promieniowania rentgenowskiego. Deponować można wszystkie zestawy dyfrakcyjne, nawet takie, które nie były z różnych względów wykorzystane do badań, a powinny być zachowane.

Kto może korzystać z repozytorium?
Korzystanie z repozytorium jest bezpłatne i otwarte dla wszystkich zainteresowanych. Z repozytorium korzystać mogą naukowcy chcący udostępnić dane badawcze, ale także osoby poszukujące danych krystalograficznych.

Jak korzystać z repozytorium?
Zasoby widoczne są na stronie i można je swobodnie przeszukiwać, przeglądać i pobierać bez zakładania konta. Deponowanie danych możliwe jest dla zarejestrowanych użytkowników. Rejestracja w repozytorium jest szybka i bezpłatna.

Funkcje wyróżniające repozytorium MX-RDR

  • możliwość automatycznego uzupełnienia części metadanych na podstawie nagłówków obrazów dyfrakcyjnych, informacji zawartych w bazie PDB, plików w formacie cif oraz XDS;
  • schemat metadanych krystalograficznych.

Pozostałe funkcje repozytorium

  • zdeponowane dane otrzymują numer DOI (Digital Object Identifier), który zostaje wstępnie przypisany do zestawu podczas deponowania, jeszcze przed publikacją,
  • deponujący ma możliwość ustawienia embargo (maksymalnie 36 miesięcy);
  • opcja wersjonowania umożliwia zdeponowanie kolejnych wersji zbioru, uwzględniających zmiany lub poprawki;
  • w metadanych można wskazać informacje na temat źródła finansowania: instytucji finansującej, programie grantowym, numerze grantu;
  • dane mogą zostać powiązane z innymi obiektami cyfrowymi: publikacjami bądź innymi zestawami danych, dla których wskazać można odpowiedni identyfikator;
  • dla poszczególnych plików w zbiorze danych wybrać można odpowiednie licencje i warunki użycia;
  • na stronie rekordu znajduje się sugerowana forma cytowania danych, można także pobrać dane bibliograficzne zbioru w formatach EndNote XML, RIS i BibTEX.

Gdzie szukać więcej informacji?

Warunki korzystania z Macromolecular Xtallography Raw Data Repository (MX-RDR) opisane są w regulaminie repozytorium.

Podsumowanie szkoleń w kwietniu 2021 r.

W kwietniu 2021 r. w ramach projektu zorganizowane zostały dwa szkolenia, w których w sumie udział wzięło ponad 130 osób. 13 kwietnia odbyło się webinarium na temat korzystania z Repozytorium Otwartych Danych RepOD, a 19 kwietnia – dwuczęściowe szkolenie z zarządzania danymi badawczymi poświęcone praktycznym oraz prawnym aspektom zarządzania danymi. Podczas szkoleń zaprezentowane zostały także założenia i cele projektu Dziedzinowe Repozytoria Danych Badawczych, powstałe w ramach projektu repozytoria oraz ich funkcje. Szkolenia kierowane są do badaczy z różnych dyscyplin zainteresowanych otwartym udostępnianiem danych, a także do bibliotekarzy i pracowników administracji wspierających naukowców w zarządzaniu danymi.

Kolejne szkolenia odbędą się w maju 2021 r. Informacje na temat terminu wraz z formularzem rejestracji zamieszczone zostaną na stronie.

Wystąpienie na temat projektu podczas IV PKOS

W dniach 14-16 kwietnia 2021 r. odbyła się IV Pomorska Konferencja Open Science, w całości poświęcona otwartemu udostępnianiu danych badawczych. Prezentacje konferencyjne przygotowali zarówno naukowcy, którzy opowiedzieli o doświadczeniach w zakresie przygotowania danych do udostępnienia, jak i pracownicy administracji i działów IT oraz bibliotekarze wspierający badaczy w zarządzaniu danymi.

W sesji pt. „Projekty i inicjatywy wspierające otwarte udostępnianie wyników badań naukowych” zaprezentowany został projekt Dziedzinowe Repozytoria Otwartych Danych Badawczych. Wystąpienie poświęcone było w szczególności repozytoriom danych badawczych powstałym w ramach projektu:

Omówione zostały zmiany wprowadzone w oprogramowaniu Dataverse oraz funkcje repozytoriów i różnice między nimi, m.in. w zakresie schematów metadanych, opcji automatycznej analizy danych czy usprawnień uwzględniających rozmiar danych.

Szkolenie z zarządzania danymi badawczymi – 19.04.2021

Zapraszamy na szkolenie z zarządzania danymi badawczymi, które odbędzie się 19 kwietnia (poniedziałek) o godz. 12:00 na platformie ClickMeeting.

Program szkolenia:

12:00 – 12:15 Wprowadzenie poświęcone realizowanemu projektowi

12:15 – 13:45 Część 1: Przygotowanie danych badawczych do udostępniania

  1. Dane badawcze – definicje
  2. Korzyści płynące z prawidłowego zarządzania danymi badawczymi
  3. Plan Zarządzania Danymi (Data Management Plan; DMP)
  4. Dane w Horyzoncie 2020 i grantach NCN
  5. Selekcja i przygotowywanie danych do udostępnienia

13:45 – 14:15 Przerwa

14:15 – 16:00 Część 2: Prawne aspekty udostępniania danych badawczych

  1. Dane badawcze jako przedmiot regulacji prawnej
  2. Udostępnianie danych badawczych z perspektywy prawa własności intelektualnej
  3. Udostępnianie danych badawczych z perspektywy ochrony danych osobowych
  4. Udostępnianie danych badawczych a komercjalizacja wyników badań naukowych
  5. Stosowanie wolnych licencji (Creative Commons i Open Data Commons)

Liczba miejsc jest ograniczona. Prosimy o zapisy poprzez formularz rejestracyjny (prosimy o zaznaczenie odpowiedniego szkolenia, aktualnie w formularzu rejestracyjnym do wyboru są dwa różne szkolenia).  Aktualizacja 19.04.2021: rejestracja zakończona. Zarejestrowane osoby otrzymają z platformy ClickMeeting mailowe zaproszenie wraz z instrukcjami, jak dołączyć do spotkania.

Prezentacja projektu na IV Pomorskiej Konferencji Open Science

Projekt Dziedzinowe Repozytoria Otwartych Danych Badawczych zaprezentowany zostanie podczas IV Pomorskiej Konferencji Open Science, która odbędzie się w dniach 14-16 kwietnia 2021 r. Wydarzenie poświęcone jest udostępnianiu danych badawczych, a jego celem jest m.in. zebranie i zaprezentowanie doświadczeń polskich instytucji naukowych w zakresie otwierania danych.

Wystąpienie na temat projektu wpisane zostało w program sesji „Projekty i inicjatywy wspierające otwarte udostępnianie wyników badań naukowych”, która rozpocznie się drugiego dnia konferencji (15 kwietnia) o godz. 12:45.

Formularz rejestracji na konferencję dostępny jest na stronie wydarzenia.

Webinarium: Jak korzystać z Repozytorium Otwartych Danych RepOD? – 13.04.2021

Zapraszamy na webinarium „Jak korzystać z Repozytorium Otwartych Danych RepOD?”, które odbędzie się 13 kwietnia 2021 r. (wtorek) o godz. 13:00.

Podczas szkolenia przedstawione zostaną najważniejsze funkcje Repozytorium, w szczególności przechowywanie i publiczne udostępnianie danych badawczych. Omówione zostaną takie zagadnienia jak metadane, trwałe identyfikatory, możliwość łączenia zbiorów danych z publikacjami, embargo, wersjonowanie czy wybór licencji. Szkolenie kierowane jest do pracowników naukowych, bibliotekarzy akademickich i wszystkich zainteresowanych korzystaniem z repozytorium.

Program webinarium:

13:00 – 13:10 Wstęp i prezentacja projektu Dziedzinowe Repozytoria Otwartych Danych Badawczych 
13:10 – 14:00 Jak korzystać z Repozytorium Otwartych Danych RepOD? 
14:00 – 14:15 Pytania i odpowiedzi (czat) 

Repozytorium Otwartych Danych RepOD to repozytorium ogólnego przeznaczenia, korzystać mogą z niego wszyscy polscy badacze, bezpłatnie i niezależnie od afiliacji instytucjonalnej. Nowa wersja serwisu uruchomiona została w ramach projektu Dziedzinowe Repozytoria Otwartych Danych Badawczych.

Liczba miejsc na szkoleniu jest ograniczona. Decyduje kolejność zgłoszeń. Prosimy o zapisy poprzez formularz rejestracyjny. Aktualizacja 12.04: rejestracja zamknięta. Zarejestrowane osoby otrzymają z platformy ClickMeeting mailowe zaproszenie wraz z instrukcjami, jak dołączyć do spotkania

Prezentacja projektu podczas CESSDA Data Day

18 marca 2021 r. odbył się CESSDA Data Day poświęcony gromadzeniu danych społecznych oraz prowadzeniu archiwów i repozytorium danych społecznych w Polsce.

W programie porannej sesji znalazło się wystąpienie „New Infrastructure for Opening Social Science Data” na temat Repozytorium Danych Społecznych (RDS), które uruchomione zostało w 2020 roku w ramach projektu Dziedzinowe Repozytoria Otwartych Danych Badawczych. Przedstawiono założenie, cele i rezultaty projektu, a także techniczne aspekty działania repozytorium.

Repozytorium Danych Społecznych otwarte dla wszystkich zainteresowanych użytkowników i służy do udostępniania danych jakościowych oraz ilościowych. Serwis prowadzony jest przez Instytut Studiów Społecznych in. Roberta Zajonca Uniwersytetu Warszawskiego i Instytut Filozofii i Socjologii Polskiej Akademii Nauk oraz Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego.

Wszystkie prezentacje z CESSDA Data Day udostępnione zostały na stronie wydarzenia.  Z podsumowaniem całego wydarzenia zapoznać się można na stronie Platformy Otwartej Nauki.

Podsumowanie szkolenia 22.03.2021

Ponad 80 osób wzięło udział w szkoleniu z zarządzania danymi badawczymi, które odbyło się 22 marca 2021 r. Podczas szkolenia przedstawione zostały praktyczne i prawne aspekty zarządzania danymi i ich otwartego udostępniania, m.in. korzyści i dobre praktyki, polityki otwartości w zakresie danych czy wolne licencje. Zaprezentowane zostały także cele i założenia projektu Dziedzinowe Repozytoria Otwartych Danych Badawczych oraz uruchomione w ramach projektu repozytoria.

Kolejne szkolenie z zarządzania danymi badawczymi odbędzie się w kwietniu. Szczegółowe informacje wraz formularzem rejestracyjnym zamieszczone zostaną na stronie.

Repozytorium Otwartych Danych RepOD

Repozytorium Otwartych Danych RepOD to jedno z trzech repozytoriów stworzonych i uruchomionych w ramach projektu Dziedzinowe Repozytoria Otwartych Danych Badawczych. Obecna wersja serwisu zastąpiła wersję pilotażową, która działała od 2015 roku jako repozytorium dla tzw. małych danych, powstających w trakcie prac badawczych prowadzonych przez pojedynczych naukowców lub niewielkie zespoły naukowe. Obecnie repozytorium działa w oparciu o oprogramowanie Dataverse.

Do czego służy repozytorium?
Jako repozytorium ogólnego przeznaczenia służy do otwartego udostępniania wszystkich typów danych badawczych wytworzonych, zebranych lub opisanych na potrzeby działalności naukowej.

Kto może korzystać z repozytorium?
Korzystanie z repozytorium jest bezpłatne i otwarte dla wszystkich zainteresowanych. Z repozytorium korzystać mogą naukowcy chcący udostępnić dane badawcze, ale także osoby poszukujące danych: dziennikarze, pracownicy administracji publicznej i organizacji pozarządowych, przedsiębiorcy i wszyscy obywatele.

Jak korzystać z repozytorium?
Zasoby widoczne są na stronie i można je swobodnie przeszukiwać, przeglądać i pobierać bez zakładania konta. Deponowanie danych możliwe jest dla zarejestrowanych użytkowników.

Najważniejsze funkcje repozytorium:

  • zdeponowane dane otrzymują numer DOI (Digital Object Identifier), który zostaje wstępnie przypisany do zestawu podczas deponowania, jeszcze przed publikacją
  • deponujący ma możliwość ustawienia embargo (maksymalnie 36 miesięcy);
  • opcja wersjonowania umożliwia zdeponowanie kolejnych wersji zbioru, uwzględniających zmiany lub poprawki;
  • w metadanych można wskazać informacje na temat źródła finansowania: instytucji finansującej, programie grantowym, numerze grantu;
  • dane mogą zostać powiązane z innymi obiektami cyfrowymi: publikacjami bądź innymi zestawami danych, dla których wskazać można odpowiedni identyfikator;
  • dla poszczególnych plików w zbiorze danych wybrać można odpowiednie licencje i warunki użycia;
  • na stronie rekordu znajduje się sugerowana forma cytowania danych, można także pobrać dane bibliograficzne zbioru w formatach EndNote XML, RIS i BibTEX.

Gdzie szukać więcej informacji?
Warunki korzystania z Repozytorium Otwartych Danych RepOD opisane są w regulaminie repozytorium. Dodatkowe informacje na temat serwisu znaleźć można w witrynie informacyjnej.

Podsumowanie webinarium – 9.03.2021

9 marca odbyło się webinarium „Jak korzystać z Repozytorium Otwartych Danych RepOD?”, podczas którego omówione zostały najważniejsze funkcje repozytorium oraz proces deponowania danych badawczych. W szkoleniu uczestniczyło ponad 70 osób z różnych jednostek naukowych. Kolejne webinarium zaplanowane jest na kwiecień. Informacje o rejestracji zamieszczone będą na stronie.